Cuộc nổi loạn Hōgen bùng nổ năm 1156, các thanh viên của hai gia tộc samurai Minamoto và Taira được gật đầu ra hiệu tham gia giao chiến. Yoshitomo cùng với Taira no Kiyomori ủng hộ Thiên hoàng Go-Shirakawa và Fujiwara no Tadamichi, trong khi cha ông là Minamoto no Tameyoshi, khi ấy là người đứng đầu gia tộc Minamoto, cùng với người con còn trẻ Minamoto no Tametomo và Taira no Tadamasa về phe Pháp hoàng Sutoku và Fujiwara no Yorinaga.

Yoshitomo, đánh bại cha mình và quân đội của Sutoku và Yorinaga, trở thành người đứng đầu gia tộc Minamoto và giành lấy quyền lực chính trị cho mình ở kinh đô Kyoto. Tuy vậy, bất chấp nỗ lực xin ân xá cho cha mình, Tameyoshi vẫn bị xử tử. Hậu của loạn Hogen khiến hai nhà Minamoto và Taira trở thành hai đối thủ chính trí mạnh nhất trong nước.